《機動戰士高達F91》的電影版于1991年3月16日上演，影片描寫0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·班卡多動亂”（Crossbone Vanguard）時期的故事。
　　U.C.0123年3月16日，殖民衛星FRONTIER SIDE遭到自稱C.V（死亡先鋒）的迷之MS部隊襲擊，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 萬人避難。 在避難的人群中有GUNDAM F91開發者之一梅凌·亞諾博士的一對子女西布頓（シ—ブック アノ—）、麗詩，以及羅拿家族的次女貝拉·羅拿，又名茜茜莉·費爾齊。羅拿家族是 C.V的領導者，提倡貴族主義并欲統一殖民衛星、建立宇宙巴比倫空中花園。茜茜莉的母親娜迪亞不滿于家族的束縛而和一名叫史奧·費爾齊的下人私奔，當她發現史奧卑劣的人格后又拋下自己的女兒不知所蹤。當西布頓等人來到碼頭，在其父洛士尼·亞諾的帶領下登上小型穿梭機時，茜茜莉在其養父史奧的脅迫下，離開西布頓和自己的哥哥度雷一起返回羅拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布頓一行，遇到了聯邦軍的練習船艦“宇宙方舟”。
　　3月19日至22日，C.V開始進攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并將其壓制。因為缺少人手，西布頓他們被拉入聯邦軍幫忙，也因此發現其母親開發的F91 亦在此方舟內（采用了生物電腦的F91，事實上是專為NEW TYPE設計的）。 麗詩還替機械師解答了母親在F91生物電腦中留下的迷題， 這使得每啟動一次就會出故障的F91終于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位駕駛員，故西布頓被推上 F91的駕駛艙，他的NEW TYPE能力也開始漸漸地覺醒了。另一方面，回到羅拿家的茜茜莉受到祖父馬爾捷的熱烈歡迎，
　　并想讓她成為宇宙巴比倫空中花園的女王。被祖父一番剖白打動的茜茜莉剪去長發打算留在羅拿家，并開始學習駕駛MS，教她駕駛MS的查貝尼（C.V 中最強的“黑之部隊”隊長）亦發現茜茜莉也是NEW TYPE。
　　3月26日，C.V的最高指揮官鐵假面（茜茜莉的父親，原名卡羅素，因妻子和別人私奔而戴上面具遮丑，乃是強化人類）在FRONTIER Ⅳ發表宇宙巴比倫宣言。 而西布頓亦趁機潛入羅拿家的別墅，欲帶走茜茜莉未果，反而連累了自己的父親。回到“宇宙方舟”，和分別多時的母親相遇，不免責怪其母拋下他和麗詩埋頭于工作中。當西布頓和他的母親盡釋前嫌時，茜茜莉的母親娜迪亞亦逼著史奧帶她去見自己的女兒，并要茜茜莉離開羅拿家。不聽母親勸告的茜茜莉揚長而去，此時娜迪亞發現站在她身后的史奧已被鐵假面所殺，緊接著自己也被C.V的士兵抓了起來。
　　3月30 日， 不知情的茜茜莉與查貝尼一起奉命佯攻FRONTIER Ⅰ，而鐵假面則帶著他的艦隊占領FRONTIER Ⅰ的能量供應裝置替其秘密武器“巴克”提供能源。查貝尼的部下瑪安娜.布爾芝因嫉妒其上司對茜茜莉的過分關懷而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布頓等人一同迎擊C.V 的“黑之部隊”。當安娜瑪麗的MS被查貝尼擊中后，西布頓亦與茜茜莉的MS交鋒，所幸最后兩人認出了對方，茜茜莉回到西布頓的身邊。“黑之部隊”撤退后不久，鐵假面的母艦上便放出大量“巴克”進入衛星中。“巴克”是一種專門用來殺人的兵器，它能感應人的波長而上天入地將衛星中的居民全部殺死！西布頓、茜茜莉和比基特三人奮力抵抗“巴克”，卻沒有多大效果，比基特當場陣亡。西布頓和茜茜莉設法將“巴克”吸引到狹窄的通道中令其相撞，然后又炸毀了生產“巴克”的船艦。回到母艦上的查貝尼，知曉鐵假面瞞著他和總帥馬爾捷制造了“巴克”并企圖以此將月球和地球的居民全部抹殺之事后，立刻將鐵假面的副官處死，并令余下的C.V部隊撤離FRONTIER Ⅰ。
　　覺察到茜茜莉背叛的鐵假面惱羞成怒，駕駛著最新的MA“拉夫烈西亞”追擊茜茜莉和西布頓。戰斗初始， F91和茜茜莉駕駛的比維拿.基拿在拉夫烈西亞的強大力量下毫無還手之力，比維拿.基拿被擊毀，茜茜莉被鐵假面抓出駕駛艙拋向茫茫的宇宙。憤怒的西布頓發揮出F91 真正的力量，使出有質量的殘像“分身”將鐵假面打倒。戰斗結束后，及時逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙方舟緩緩駛向F91，查貝尼見宇宙方舟上搭載著大量的難民，又目睹到西布頓失魂落魄地四處尋找茜茜莉的樣子，便放過他們帶著自己的部下悄悄離去了。西布頓在其母親的指點下，運用NEWTYPE的感知能力， 終于找到了飄蕩在無盡空間中的茜茜莉，兩人相擁在一起，其喜悅之情不言而喻